境內公司向關聯香港公司提供技術咨詢服務，根據《跨境應稅行為適用增值稅零稅率和免稅政策的規定》（財稅〔2016〕36號）規定

一、中華人民共和國境內（以下稱境內）的單位和個人銷售的下列服務和無形資產，適用增值稅零稅率：

（三）向境外單位提供的完全在境外消費的下列服務：

• 研發服務。
• 軟件服務。
• 電路設計及測試服務。
• 信息系統服務。

七、本規定所稱完全在境外消費，是指：

（一）服務的實際接受方在境外，且與境內的貨物和不動產無關。

據此，公司向境外單位提供的完全在境外消費的上述列舉的技術服務，適用增值稅零稅率。否則，按6%計繳增值稅。

關于免稅：
《營業稅改征增值稅跨境應稅行為增值稅免稅管理辦法（試行）》（國家稅務總局公告2016年第29號）第二條第（十四）規定，向境外單位銷售的完全在境外消費的專業技術服務。
下列情形不屬于完全在境外消費的專業技術服務：
1. 服務的實際接受方為境內單位或者個人
2. 對境內的天氣情況、地震情況、海洋情況、環境和生態情況進行的氣象服務、地震服務、海洋服務、環境和生態監測服務。
3. 為境內的地形地貌、地質構造、水文、礦藏等進行的測繪服務。
4. 為境內的城、鄉、鎮提供的城市規劃服務。

國家稅務總局公告2016年第29號第五條規定， 納稅人發生本辦法第二條所列跨境應稅行為，除第（九）項、第（二十）項外，必須簽訂跨境銷售服務或無形資產書面合同。否則，不予免征增值稅。

關于備案手續：
國家稅務總局公告2016年第29號第八條規定寧， 納稅人發生免征增值稅跨境應稅行為，除提供第二條第（二十）項所列服務外，應在首次享受免稅的納稅申報期內或在各省、自治區、直轄市和計劃單列市國家稅務局規定的申報征期后的其他期限內，到主管稅務機關辦理跨境應稅行為免稅備案手續，同時提交以下備案材料：

（一）《跨境應稅行為免稅備案表》（附件1）；
（二）本辦法第五條規定的跨境銷售服務或無形資產的合同原件及復印件；
（三）提供本辦法第二條第（一）項至第（八）項和第（十六）項服務，應提交服務地點在境外的證明材料原件及復印件；
（四）提供本辦法第二條規定的國際運輸服務，應提交實際發生相關業務的證明材料；
（五）向境外單位銷售服務或無形資產，應提交服務或無形資產購買方的機構所在地在境外的證明材料；
（六）國家稅務總局規定的其他資料。

關于發票：
國家稅務總局公告2016年第29號第七條規定， 納稅人發生跨境應稅行為免征增值稅的，應單獨核算跨境應稅行為的銷售額，準確計算不得抵扣的進項稅額，其免稅收入不得開具增值稅專用發票。已開具增值稅專用發票的，應將全部聯次追回后方可辦理跨境應稅行為免稅備案手續。