與香港公司交易時，能否減免公司國內增值稅，主要取決于具體的交易性質、合同條款以及相關的稅收法規和政策。以下是一些關鍵點和考慮因素：

一、增值稅減免的基本原則
跨境交易處理：增值稅的減免通常與跨境交易的性質和地點有關。如果交易涉及跨境服務或貨物，需要根據國家稅務總局及海關總署的相關規定來判斷增值稅的征收情況。

稅收協定：中國與香港特別行政區簽訂了避免雙重征稅的協定，這在一定程度上可以影響增值稅的征收。然而，需要注意的是，這些協定主要關注的是所得稅的減免，而非直接針對增值稅。

二、具體情境分析
服務交易：

如果內地公司向香港公司提供服務，并且符合特定的跨境服務免稅政策（如跨境應稅服務免征增值稅政策），那么內地公司可能無需就這部分服務收入繳納增值稅。但需要注意的是，享受免稅政策通常需要滿足一定的條件和程序，如備案等。
反之，如果香港公司向內地公司提供服務，且服務完全在境外提供，則根據現行規定，這部分服務收入通常不在內地繳納增值稅。但內地公司在支付服務費用時，可能需要代扣代繳增值稅（如果服務屬于增值稅應稅范圍）。
貨物交易：

對于貨物交易，增值稅的減免主要取決于貨物的進口環節。根據內地與香港的雙邊稅收協定和海關規定，部分進口貨物可能享受增值稅減免政策。然而，這通常涉及特定的貨物種類和進口條件。
在一般的貨物交易中，如果香港公司向內地公司銷售貨物，內地公司需要按照正常的進口程序繳納增值稅。但如果雙方通過特定的貿易安排或政策優惠（如自由貿易協定下的關稅減免），可能可以減少或免除部分增值稅。
三、合規建議
了解政策：在進行跨境交易前，企業應詳細了解相關的稅收法規和政策，特別是跨境交易增值稅的處理規定。

咨詢專家：由于跨境交易涉及復雜的稅收問題，企業應考慮咨詢專業的稅務顧問或會計師，以確保合規并優化稅務成本。

合同設計：在簽訂跨境交易合同時，企業應合理設計合同條款，明確雙方的稅收責任和義務，以減少潛在的稅務風險和爭議。

綜上所述，與香港公司交易時能否減免公司國內增值稅取決于具體的交易性質和政策規定。企業應密切關注相關政策的更新和變化，并采取適當的合規措施以確保交易的順利進行。