香港公司支付的工資在中國大陸通常需要繳納個人所得稅。

根據中國稅法，中國稅務居民對其全球收入負有納稅義務，這意味著即便工資是由在香港注冊的公司支付的，只要該個人是中國的稅務居民，他們從香港公司獲得的工資收入也需在中國申報并繳納相應的稅款。以下是對這一情況的詳細分析：

稅收居民定義：中國稅務居民的定義包括在中國境內有住所，或者無住所而在境內居住累計滿183天的個人。對于在海外工作的中國公民，如果他們的家庭成員（如配偶、子女）和主要財產仍然在中國，也可能被視為稅務居民。
國際雙重避稅：中國與香港之間存在避免雙重征稅的協定，但該協定主要是為了確保同一筆收入不會被兩地重復征稅，而不是免除其中一地的稅務義務。因此，即使香港方面可能沒有對該工資收入征稅，中國的稅務居民仍需要按照中國的稅法規定，對其全球收入進行申報并繳納稅款。
個稅匯算清繳：自2019年起，中國實行了個稅匯算清繳制度，要求納稅人在次年的一定時間內，將其全年的收入、扣除等情況進行匯總申報，以確保所有應稅收入均已納稅。這對于那些有境外收入的納稅人來說尤為重要，因為他們需要主動申報在香港等地取得的工資收入。
稅務合規操作：隨著中國稅務機關加強數字化建設和信息共享，通過香港公司發薪以規避內地個稅的做法風險日益增加。企業和個人應當遵守相關法律法規，確保稅務合規，避免因逃稅而面臨法律風險。
稅務申報流程：對于在香港取得工資收入的中國稅務居民，他們需要在每年的個稅匯算清繳期間，將這部分收入合并到其他收入中一起申報，并根據實際情形計算應繳納的稅款。如果未按時申報或申報不實，可能會面臨罰款或其他法律后果。