在內地工作，即使合同是與香港公司簽訂，并且工資由香港公司支付，也需要在內地繳納個人所得稅。這種情形涉及跨境工作與薪酬支付的稅務處理，在中國稅法中具有明確的規定和要求。以下是關于稅務居民定義、國際雙重避稅以及個稅匯算清繳的相關分析：

稅務居民定義
住所和居住時間：中國稅務居民包括在中國境內有住所，或者無住所而在境內居住累計滿183天的個人。這意味著哪怕工資來源于境外，只要符合稅務居民的條件，其全球收入均需在中國納稅。
家庭成員和主要財產：對于在海外工作的中國公民，如果他們的家庭成員和主要財產仍然在中國，他們可能被視為稅務居民。這種情況下，即使與香港公司簽合同，也需在內地交稅。
國際雙重避稅
避免雙重征稅協定：中國與香港之間存在避免雙重征稅的協定，目的是確保同一筆收入不會被兩地重復征稅。然而，該協定不免除其中一地的稅務義務，意味著工資若在內地產生稅務責任，則需申報繳稅。
稅務合規操作：隨著中國稅務機關加強數字化建設和信息共享，通過香港公司發薪以規避內地個稅的做法風險日益增加。因此，企業和個人應遵守相關法規，確保稅務合規。
個稅匯算清繳
匯總申報制度：自2019年起實行的個稅匯算清繳制度，要求納稅人將其全年的收入、扣除等情況進行匯總申報。這使得境外工作并獲得收入的納稅人，需主動將香港等地的工資收入合并申報。
未按時申報的后果：如果未按時申報或申報不實，可能會面臨罰款或其他法律后果。這對于在香港取得工資的內地工作員工來說尤為重要。