注銷香港公司的方式可分為兩種——自動注銷、合法注銷。通常建議通過合法注銷來結束香港公司經營。雖然合法注銷雖然手續繁瑣、要求較高，但由于其注銷流程的合法性，使得該香港公司不會留下任何污點，也不會給公司董事和股東帶來任何負面影響，香港公司原董事和股東仍然與正常公民一樣，享受法律規定的所有權益和利益，因此是最好的公司注銷方式。
具體的注銷方式如下：
1、合法注銷
香港公司合法注銷要求是最嚴格的一種，但正是由于要求最嚴格，因此法律風險也最小。正常注銷一家香港公司，需要提交很多資料：
稅務局局長發出的“不反對撤銷意見書”；
香港公司上一年度審計報告；
所有香港公司股東簽署的“同意香港公司注銷決議書”等。
而這些材料的取得，就要求香港公司一直依照香港法律，進行香港公司年審、報稅等維護工作。同時要注銷香港公司，還需要該香港公司停止營業活動3個月及以上，并且沒有未盡的債務關系和法律程序。
經過一段時間的公示，并沒有人提出反對后，該香港公司才能撤銷注冊。但由于該香港公司在注銷過程中已證明沒有未盡事宜，因此該香港公司董事通常不會受到任何影響。
2、自動注銷
香港作為離岸金融中心，對所轄的公司行政活動最主要的監控手段，就是每年必須進行的年審和報稅。如果香港公司不打算繼續經營，又不進行合法程序注銷該公司，香港注冊處和稅務局就依然認為該公司繼續經營。
這時，如果該香港公司不按照法律要求每年進行年審和報稅，就會被視為違反香港法律而進行罰款，嚴重的還會被香港政府部門控告。同時這些罰款會不斷累加。若一直不理會，最終會導致香港公司被強制清盤注銷，同時補繳年審費用及累計的罰款，公司的董事也會被香港政府列入黑名單。