香港公司將國內公司股份出售，在香港：根據香港《稅務條例》，利得稅的課稅范圍為，任何人士，包括法團、合伙業務、受托人或團體，在香港經營行業、專業或業務而從該行業、專業或業務獲得于香港產生或得自香港的應評稅利潤（售賣資本資產所得的利潤除外)，均須納稅。香港公司轉讓其持有的境內公司的股權所得收入，實則來源于中國內地，非來源于香港，也非于香港產生，因此，不適用香港的利得稅。同時，香港不征收資本利得稅。

香港公司將國內公司股份出售，在內地：根據《企業所得稅法》第四條第二款規定，非居民企業取得本法第三條第三款規定的所得，適用稅率為20%。同時，該法第二十七條第五款規定，本法第三條第三款規定的所得符合減稅和免稅的條件。緊接著，《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》（下稱"《企業所得稅法實施條例》"）第九十一條規定，非居民企業取得企業所得稅法第二十七條第（五）項規定的所得，減按10%的稅率征收企業所得稅。因此，香港公司轉讓其持有的境內公司的股權按10%的稅率征收企業所得稅。

根據《國家稅務總局關于印發<非居民企業所得稅源泉扣繳管理暫行辦法>的通知》（國稅發【2009】3號）（下稱"3號文"）第三條的規定，對非居民企業取得來源于中國境內的股息、紅利等權益性投資收益和利息、租金、特許權使用費所得、轉讓財產所得以及其他所得應當繳納的企業所得稅，實行源泉扣繳，以依照有關法律規定或者合同約定對非居民企業直接負有支付相關款項義務的單位或者個人為扣繳義務人。扣繳義務人與非居民企業首次簽訂與本辦法第三條規定的所得有關的業務合同或協議（以下簡稱合同）的，扣繳義務人應當自合同簽訂之日起30日內，向其主管稅務機關申報辦理扣繳稅款登記。