在香港注冊公司與國內注冊公司的根本區別在于以下幾點：
1.公司名稱
香港公司：起名自由，香港政府允許公司名稱含有國際、集團、控股、實業、投資、學院、協會、基金會、研究所等字眼，公司名稱前還能任意加上自己喜歡的國家或地區名字。
國內公司：必須以所在城市名稱起首，容易受地域發展限制，固定的格式：地區+名字+行業+公司性質(地區位置可變動）
2.注冊資金
香港公司：注冊資金不需要驗資到位，最低1萬港幣，辦理成本低，時間快，操作簡單。
國內公司：注冊資金需驗資到位，對注冊資金雖然有放松要求，但也有規定期限到位注冊資金。
3.辦公地址
香港公司：注冊之后可不在香港實地辦公。
國內公司：注冊必須要有商務樓的辦公室，特別像進出口公司的，政府1年還會來檢查幾次，存在租金問題。
4.雇用員工
香港公司：注冊之后，不用在香港實地辦公，可不用去雇用員工。
國內公司：因為需要實地的辦公，租了辦公室后，雇用員工的問題也將成為一個重要的成本支出。
5.貿易要求
國內公司：國內注冊有自營進出口權的企業，注冊資本需要在50萬元以上，否則進出口的時候還要委托工廠或外貿代理
香港公司：無任何管制，直接自由貿易，輕松開公司外幣帳戶，不受外匯管制輕松收外幣。
6.稅務問題
香港公司：稅種少，稅率低，沒有增值稅和營業稅，主要的稅種就是利得稅（相當于國內所得稅，16.5%的稅率）。而且稅制適用的是“地域來源征稅的原則”，也就是說，業務不在當地運作，利潤是來源于海外，可以申請政府豁免利得稅。除了說可以免稅以外，香港公司的報稅周期也跟大陸不同，是成立公司后第一次18個月報稅，以后是1年1次，時間非常長。
國內公司：有營業額就要交稅，稅賦比較重，稅種多，有增值稅、營業稅和所得稅，所得稅這塊的報稅1個月就要做1次，而且有利潤的馬上要交稅。所得稅25%稅率非常高。
7.賬戶的性質
香港公司：其本身是境外公司，所以開設的賬戶不管是大陸離岸帳戶還是香港本地賬戶，都不受大陸外匯管制的境外賬戶性質，接收周轉外匯自由，無匯率差。
國內公司：只有外貿公司可能接收外匯，轉入國內公司賬戶相當于境外外匯入境，國內企業可以去辦理核銷和退稅。如有資金需轉到境外，也能直接轉出，不用外管局審批。