一、申請注冊條件
提交馬德里注冊申請，需滿足三點條件：一是申請人必須具有一定的主體資格。申請人需在我國設有真實有效的工商營業場所，或在我國境內有住所，或擁有我國國籍。二是申請人需要具有相應的國內申請或注冊基礎。若申請人計劃通過馬德里體系在國外申請注冊的商標在國內已申請或已注冊，則需提供國內的受理通知書或注冊證。若申請人計劃在國外申請注冊的商標在國內還未提交注冊申請，則需要先提交國內商標注冊申請，待國內受理通知書下發后再辦理馬德里注冊，但是國內受理通知書下發通常要幾個月。此外，馬德里注冊的申請人名義、地址、商標必須和國內基礎一致，商品或服務不得超過基礎申請或注冊的商品或服務范圍。三是申請人計劃注冊保護的目的國屬于馬德里締約方，否則不能通過馬德里體系進行注冊保護。從以上可以看出，馬德里注冊需滿足的條件較多，而相對于馬德里注冊，單一國家注冊的門檻則較低，通常不需要國內申請或注冊基礎，申請人只需到各國商標主管機關直接提交商標注冊申請即可。
二、申請注冊手續
在申請注冊手續方面，馬德里注冊可以在一份注冊申請里面指定保護多個締約方，申請手續較為簡便。若馬德里申請在各指定締約方順利通過審查，則馬德里注冊可為申請人節約大量時間精力。但是，一旦遇到駁回或異議的情況，申請人則需要直接向各指定締約方的商標主管機關提交駁回復審、異議答辯，按照各指定締約方的法律法規準備相應文件，如提供經公證認證的商標代理委托書，在這種情況下，手續可能比單一國家注冊更加復雜。
單一國家注冊則相對復雜，需要申請人了解各國商標法律法規，根據各國商標注冊的要求準備申請注冊的文件，需準備的文件較多且手續繁瑣，但是若有專業的代理機構進行服務的話，可較大程度地減少申請人的工作量。
三、注冊費用
馬德里注冊的費用比單一國家注冊費用便宜，其原因主要在于，馬德里注冊由中國商標局、世界知識產權組織國際局轉交注冊申請至各指定締約方的商標主管機關，費用主要包括官費和國內代理機構的服務費。對于單一國家注冊，根據各國法律的要求申請人通常需要委托各國的本地代理機構提交注冊申請，除了官費和國內代理機構的服務費之外，還會產生國外代理機構的服務費，這樣的客觀原因導致單一國家注冊的費用通常會比馬德里注冊的費用高許多。此外，在單一國家注冊中，部分國家要求提交經公證認證的商標代理委托書等材料，該公證認證手續也會產生一定費用。
四、注冊證
對于馬德里注冊，世界知識產權組織國際局在形式審查完畢以后，會給申請人頒發一份國際注冊證，但是在頒發國際注冊證階段，國際局僅進行了形式審查且各指定締約方還未進行實質審查，因此該國際注冊證并非我們通常理解的商標注冊證，該文件僅僅代表國際局已受理該馬德里注冊申請，并無真正意義上的注冊證效力。在實踐中，較多申請人拿到國際注冊證以后就認為馬德里商標已經成功獲權，造成申請人的誤解，鑒于此，筆者認為，該國際注冊證更名為“馬德里商標國際注冊受理通知書”或類似名稱似乎更妥。此外，在各國商標主管機關審查通過以后，通常只會頒發“核準保護通知”，沒有專門的商標注冊證，只有美國、日本和韓國等極少數締約方會單獨頒發注冊證。并且，國際注冊證通常都是黑白打印，僅在商標圖樣處可能會彩色打印，核準保護通知也是黑白打印或只有電子版，這讓國內申請人更加難以理解難以接受，并對文件的真實性產生懷疑。此外，在申請人維權的過程中，核準保護通知對證明權利歸屬也存在諸多不便。為消除對商標注冊效力和權利歸屬的疑慮，有企業希望向各指定締約方的商標主管機關申請一份商標注冊證或商標注冊證明，但是有些國家并無此類補發商標注冊證或商標注冊證明的程序，即便有此類程序，也會產生額外費用。
單一國家商標注冊完成后都會頒發商標注冊證，能夠直觀地表明在各國的商標權利。
五、申請日
根據《馬德里協定》及《馬德里議定書》的規定，若自申請人提交馬德里注冊申請至原屬國商標局的日期起兩個月內，國際局收到該馬德里注冊申請，則國際注冊日為申請人提交馬德里注冊申請至原屬國商標局的日期。否則，國際注冊日為國際局收到馬德里注冊申請的日期。此外，在指定締約方審查階段，各指定締約方通常將國際注冊日視為“申請日”，對申請人確權十分重要。但是根據實踐情況，大多數情況下國際局收到馬德里注冊申請的日期都會超過兩個月，不利于申請人確權。
對于單一國家注冊，申請人在準備好相關文件后即可直接向各國商標主管機關提出注冊申請，可以盡快確定申請日，有利于申請人確權。
六、注冊風險
雖然馬德里注冊申請可以在一份申請里面指定保護多個締約方，但是各國商標法律制度不同，在各國商標主管機關審查的過程中需按照當國的審查標準來進行審查，而在一份馬德里注冊申請書里面無法同時滿足各國對商標描述、商標釋義、商品分類、商品規范等方面的眾多要求，這可能會導致各國商標主管機關下發審查意見或駁回意見。
對于單一國家注冊，申請人則可以根據各國的商標審查標準，制定相應的商標注冊申請策略，最大限度地降低審查意見或駁回意見的可能性，提前規避不必要的風險。
七、權利穩定性
接觸過馬德里注冊的申請人應該都對令人望而生畏的“中心打擊”原則有所了解。根據馬德里議定書第六條：“在注冊之日起五年期滿前，如果基礎申請或由之產生的注冊或者基礎注冊分別就全部或部分國際注冊中所列的商品和服務被撤回、過期、被放棄、最終駁回、注銷或被宣布無效，無論其是否已被轉讓，都不得再要求國際注冊給予的保護”。因此，通過馬德里體系注冊的商標效力具有不穩定性，國際注冊五年后才能與國內基礎脫鉤，一旦國內基礎在五年內失效，國際注冊也將失效，在全部指定締約方將失去保護。雖然馬德里議定書對中心打擊原則有一定救濟措施，但相對于單一國家注冊通常不用對申請基礎有所依賴這種情況，單一國家注冊權利更穩定。
八、封閉與開放
馬德里體系雖然有近百個締約方，但是國內申請人經常注冊保護的許多國家仍然不在馬德里締約方之列，諸如馬來西亞、泰國、巴基斯坦、阿聯酋、南非、巴西、阿根廷等尚無法通過馬德里體系來進行注冊保護。對于單一國家注冊，申請人通常不會遇到此類問題，可以直接向各目的國家的商標主管機關提出商標注冊申請，申請方式更加開放。
九、商標效力
根據馬德里議定書第四條：“(a) 自根據第三條和第三條之三之規定所進行的注冊或登記之日起，商標在各有關締約方的保護與在該締約方直接提交此商標申請所取得的保護應是相同的”。簡而言之，就是說馬德里注冊在各指定締約方的效力與單一國家注冊的效力是相同的。但是，根據筆者的了解，部分非洲國家雖然已經成為馬德里的締約方，但是其國內商標法并未進行相應的修訂，馬德里注冊在這部分國家的效力有待商榷，而單一國家注冊在這部分非洲國家能夠受到有效的保護。
十、后續管理
馬德里注冊的后續程序，如續展、變更、轉讓等程序，只需提交一份申請即可辦理，便于統一管理。對于單一國家注冊，各國的商標有效期、續展期、續展及變更要求等均有所差異，申請人需按照各國的規定分別辦理，管理難度高。
綜上所述，馬德里注冊的優勢為手續簡單、費用便宜，劣勢為門檻較高、風險較大，而單一國家注冊的優勢為門檻較低、利于確權、風險易把控，劣勢為成本偏高、手續復雜、管理難度大，兩種注冊方式各有千秋。企業在辦理國際商標注冊的時候，需綜合考慮根據注冊目的、風險把控、經費預算、市場重要性、出口需求等因素以決定采取何種注冊方式或注冊方式的組合，量身定制最適合企業的國際商標注冊策略。