根據國家稅務總局出臺《關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》（國稅函〔2010〕79號），文件第三條明確了關于股權轉讓所得確認和計算問題，企業轉讓股權收入，應于轉讓協議生效、且完成股權變更手續時，確認收入的實現。轉讓股權收入扣除為取得該股權所發生的成本后，為股權轉讓所得。企業在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額。

國稅函〔2010〕79號文件規定，企業在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額。國稅發〔2000〕118號文件也曾有一般股權交易中，留存收益不允許扣減的表述，第二條規定，被投資企業對投資方的分配支付額，如果超過被投資企業的累計未分配利潤和累計盈余公積金而低于投資方的投資成本的，視為投資回收，應沖減投資成本；超過投資成本的部分，視為投資方企業的股權轉讓所得，應并入企業的應納稅所得，依法繳納企業所得稅。《國家稅務總局關于加強非居民企業股權轉讓所得企業所得稅管理的通知》（國稅函〔2009〕698號）對非居民境外轉讓股權所得規定中也已經有類似規定，文件第三條規定，股權轉讓所得是指股權轉讓價減除股權成本價后的差額。股權轉讓價是指股權轉讓人就轉讓的股權所收取的包括現金、非貨幣資產或者權益等形式的金額。如被持股企業有未分配利潤或稅后提存的各項基金等，股權轉讓人隨股權一并轉讓該股東留存收益權的金額，不得從股權轉讓價中扣除。

例如：某企業股權投資成本為5000萬元，在被投資企業有3000萬元的留存收益份額，該企業將股權轉讓，轉讓價格為10000萬元。按照規定，股權轉讓所得應該為10000－5000＝5000（萬元），雖然留存收益3000萬元在企業屬于稅后收益，但是不能在所得額中扣減。

不過股權轉讓所得中也有個別可扣除留存收益的特殊情況，在實際業務中要注意區分。比如企業清算時，股東分得的剩余資產，可以扣減留存收益。《企業所得稅法實施條例》第十一條第二款規定，投資方企業從被清算企業分得的剩余資產，其中相當于從被清算企業累計未分配利潤和累計盈余公積中應當分得的部分，應當確認為股息所得；剩余資產減除上述股息所得后的余額，超過或者低于投資成本的部分，應當確認為投資資產轉讓所得或者損失。還有國家稅務總局發布《關于企業股權轉讓有關所得稅問題的補充通知》（國稅函〔2004〕390號）規定，企業進行清算或轉讓全資子公司以及持股95%以上的企業時，投資方應分享的被投資方累計未分配利潤和累計盈余公積應確認為投資方股息性質的所得。為避免對稅后利潤重復征稅，影響企業改組活動，在計算投資方的股權轉讓所得時，允許從轉讓收入中減除上述股息性質的所得。

未分配利潤應該不用交稅的。