紅籌股和港股通在扣稅方面存在明顯的區別，這主要體現在稅率、計算方式以及適用的投資者類型上。以下是對兩者扣稅區別的詳細分析：

一、稅率區別
紅籌股：

對于個人投資者，紅籌股的紅利稅通常涉及兩個層面。首先，根據香港稅法，上市公司可能會扣取10%的企業所得稅。其次，中國結算再按照20%的稅率代扣個人所得稅。因此，個人投資者最終可能需要承擔合計約28%左右的稅率（具體計算方式為：10%企業所得稅+（1-10%）*20%個人所得稅）。
需要注意的是，這里的稅率可能會根據具體的稅收協定和投資者情況有所調整。
港股通：

對于通過港股通投資港股的個人投資者，無論是H股還是非H股（含普通港股），股息紅利所得通常按照20%的稅率代扣個人所得稅。
企業投資者的情況則較為復雜，一般需要根據內地的相關稅收政策執行，具體稅率及細節會依據企業的具體情況以及相關稅收法規來確定。
二、計算方式區別
紅籌股：

紅籌股的紅利稅計算方式相對復雜，需要考慮企業所得稅和個人所得稅的雙重扣除。投資者最終獲得的稅后紅利金額將是紅利總額減去這兩部分稅款后的金額。
港股通：

港股通的紅利稅計算方式相對簡單，直接按照20%的稅率從紅利總額中扣除個人所得稅，投資者收到的即為稅后金額。
三、適用投資者類型區別
紅籌股：

紅籌股的扣稅規則主要適用于所有持有紅籌股的個人投資者，無論其是否通過港股通或其他渠道購買。
港股通：

港股通的扣稅規則主要適用于通過港股通渠道投資港股的個人投資者和企業投資者。對于非港股通渠道購買的港股，其扣稅規則可能有所不同。
四、其他注意事項
稅收抵免：如果個人投資者已經在外籍國家繳納了預提稅，可以持有效的扣稅憑證向中國證券登記結算有限責任公司（簡稱“中國結算”）的主管稅務機關申請稅收抵免。
政策變動：需要注意的是，稅收政策可能會隨著時間和政策的變化而有所調整。因此，投資者在進行投資決策時，應密切關注最新的稅收政策和相關通知。
綜上所述，紅籌股和港股通在扣稅方面存在明顯的區別，投資者在投資前應充分了解相關稅收政策，以便做出更明智的投資決策。