港澳臺地區的企業不可以申請認定高新技術企業。
港資在中國內地投資成立的公司屬于中國大陸居民企業，則可以申請高新技術企業認定，具體的條件及要求如下：
（一）企業申請高新技術企業認定時須注冊成立一年以上；
（二）在中國境內（不含港、澳、臺地區）注冊的企業，通過自主研發、受讓、受贈、并購等方式，或通過5年以上的獨占許可方式，對其主要產品（服務）的核心技術擁有自主知識產權的所有權，且達到下列其中一項數量要求：

A、發明專利、植物新品種、國家新藥、國家級農作物品種、國家一級中藥保護品種、集成電路布圖設計專有權1件以上；
B、實用新型專利8件以上；
C、非簡單改變產品圖案和形狀的外觀設計專利（主要是指：運用科學和工程技術的方法，經過研究與開發過程得到的外觀設計）或者軟件著作權10件以上；

（三）對企業主要產品（服務）發揮核心支持作用的技術屬于《國家重點支持的高新技術領域目錄2016》規定的范圍；
（四）企業從事研發和相關技術創新活動的科技人員占企業當年職工總數的比例不低于10%；
（五）企業近三個會計年度（實際經營期不滿三年的按實際經營時間計算，下同）的研究開發費用總額占同期銷售收入總額的比例符合如下要求：

1. 最近一年銷售收入小于5,000萬元（含）的企業，比例不低于5%；
2. 最近一年銷售收入在5,000萬元至2億元（含）的企業，比例不低于4%；
3. 最近一年銷售收入在2億元以上的企業，比例不低于3%；

其中，企業在中國境內發生的研究開發費用總額占全部研究開發費用總額的比例不低于60%；
（委托外部研究開發費用的實際發生額應按照獨立交易原則確定，按照實際發生額的80%計入委托方研發費用總額。）
（六）近一年高新技術產品（服務）收入占企業同期總收入的比例不低于60%；
（七）企業創新能力評價應達到相應要求；
（八）企業申請高新認定前一年內未發生重大安全、重大質量事故或嚴重環境違法行為；
（九）符合《科技型中小企業評價辦法》（國科發政〔2017〕115號）評價入庫條件的企業（主要條件：職工總數500人、年銷售收入2億元、資產總額2億元等，），應當評價入庫后再申請高新技術企業認定，并在高新技術企業認定申請書中注明科技型中小企業評價入庫編號。

說明：同一企業同一年度只能申報一次高新技術企業認定，高新技術企業培育入庫必須和高新技術企業認定同批次申請。

注冊地在內地的港資企業也可以申請高新企業。港澳臺企業其注冊地不在內地則不可以。