出口免稅主要適用于生產性企業的小規模納稅人自營出口貨物、來料加工貨物、間接出口貨物和一些特定的商品如油畫等。在財務核算上要注意區分一般貿易出口免稅、來料加工貿易免稅和間接出口免稅三種不同的情況。具體操作是，首先將出口收入計入主營業務收入，不計算應收的退稅款。其次，因為是出口免稅，應將該出口商品耗用國內采購材料的進項稅額進行進項轉出，計入主營業務成本。如果該企業是生產企業，除了有出口免稅收入之外，還有出口退稅收入、內銷收入等，需按一定的比例將出口免稅耗用的國內采購材料的進項稅額計算并轉出。

例如：飛飛公司為一家生產性企業，2008年10月出口A商品，取得出口收入10萬美元，沒有內銷收入，當月可抵扣進項稅額為5萬元。假設A商品為免稅商品，匯率比例是：100美元=680元人民幣，飛飛公司該月無留抵稅額。

會計處理如下：

1.計算出口銷售收入

借：應收賬款 680000

貸：主營業務收入——外銷收入 680000

2.將進項稅額轉入主營業務成本借：主營業務成本50000貸：應交稅費——應交增值稅（進項稅額轉出）50000。

如果該企業除了有出口免稅收入之外，還有出口退稅收入、內銷收入等，需按一定的比例將出口免稅耗用的國內采購材料的進項稅額計算并轉出。

而出口退稅率為零主要適用于一些國家限制出口的商品。根據《國家稅務總局關于出口貨物退（免）稅若干問題的通知》（國稅發〔2006〕102號）第一條規定，出口企業出口的下列貨物，除另有規定外，視同內銷貨物計提銷項稅額或征收增值稅：（一）國家明確規定不予退（免）增值稅的貨物。（二）出口企業未在規定期限內申報退（免）稅的貨物。（三）出口企業雖已申報退（免）稅但未在規定期限內向稅務機關補齊有關憑證的貨物。（四）出口企業未在規定期限內申報開具《代理出口貨物證明》的貨物。（五）生產企業出口的除四類視同自產產品以外的其他外購貨物。

出口退稅率為零的貨物視同內銷，計提銷項稅額。具體操作是：

首先，將出口收入計入主營業務收入，不計算應收的退稅款。

其次，再根據下列公式計算銷項稅金：

1.一般納稅人以一般貿易方式出口上述貨物計算銷項稅額公式

銷項稅額=出口貨物離岸價格×外匯人民幣牌價÷（1+法定增值稅稅率）×法定增值稅稅率

2.一般納稅人以進料加工復出口貿易方式出口上述貨物，以及小規模納稅人出口上述貨物計算應納稅額公式(都屬于進項抵扣)

應納稅額=（出口貨物離岸價格×外匯人民幣牌價）÷（1+征收率）×征收率

注意將上面出口貨物離岸價格，換算成不含稅的收入。

再其次，該貨物的進項稅額不需作轉出，可以直接進行抵扣。應計提銷項稅額的出口貨物，如果生產企業已按規定計算免抵退稅不得免征和抵扣稅額并已轉入成本科目的，可以從成本科目轉入進項稅額科目。外貿企業如果已按規定計算征稅率與退稅率之差，并已轉入成本科目的，可將征稅率與退稅率之差及轉入應收出口退稅的金額，轉入進項稅額科目。

例如：飛飛公司為一生產性企業，2008年10月出口A商品，取得出口收入10萬美元，沒有內銷收入，當月可抵扣進項稅額為5萬元，假設A商品為退稅率為零的商品，匯率比例為：100美元=680元人民幣，增值稅稅率為17%，飛飛公司該月無留抵稅額。

會計處理如下：

1.計算出口收入

借：應收賬款　　680000

貸：主營業務收入——出口收入　　680000

2.計算銷項稅額先換算成不含稅的收入=680000÷（1+17%）=581196.58（萬元）

計算銷項稅額=581196.58×17%=98803.42（萬元）

借：主營業務收入——出口收入（或視同內銷的出口收入） 98803.42

貸：應交稅費——應交增值稅（銷項稅額）98803.42

注：如果一開始就知道是出口退稅率為零，也可將上面兩個步驟合并處理。

3.將銷項稅額與可抵扣進項稅額相減計算該月應納的增值稅

綜上所述，出口免稅與出口退稅率為零雖然相當類似，但實際上其中適用了不同的稅收政策，會計核算處理上也是完全不同的。